Semangat perjuangan Pahlawan Nasional Raja Haji Fisabilillah menginspirasi tokoh masyarakat Kepulauan Riau untuk mendirikan Yayasan Raja Haji Fisabilillah pada 12 Agustus 1998 demi meningkatkan kualitas SDM melalui pendidikan. Yayasan ini kemudian mendirikan Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (STISIPOL) Raja Haji, yang resmi mengantongi izin operasional dari Menteri Pendidikan dan Kebudayaan pada 22 Juli 1999 dan diresmikan pada 8 Agustus 1999. Perguruan tinggi ini hadir untuk membuka akses pendidikan yang berdaya saing bagi anak negeri Melayu Riau.

Sebelum resmi berdiri mandiri, lembaga ini berakar dari Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi (STIA) Tanjungpinang tahun 1985 yang kemudian bergabung dengan Universitas Lancang Kuning (UNILAK) Pekanbaru menjadi FIA UNILAK Kelas Jauh Tanjungpinang. Menanggapi kebijakan Kopertis terkait kelas jauh, pemerintah daerah Kepulauan Riau membentuk tim beranggotakan 12 orang untuk mendirikan yayasan baru guna menyelamatkan institusi ini. Melalui struktur baru tersebut, STISIPOL Raja Haji akhirnya mandiri dan membuka tiga program studi utama, yaitu Ilmu Administrasi Negara, Ilmu Pemerintahan, dan Sosiologi.